LSCGAT: Инструмент настраиваемого глобального выравнивания длинных последовательностей.

Справка

Возможности приложения можно продемонстрировать на следующем примере.
Найти вхождение или наиболее близкий аналог короткого биотехнологического паттерна ATGCNNNNATGC (QUERY) в длинной нуклеотидной последовательности (SUBJECT).

Для решения задачи надо учитывать следующие настройки в программе:

Последовательности могут быть набраны, скопированы или введены из файла формата FASTA. Случайные последовательности могут быть сгенерированы и/или изменены с помощью отдельных сервисов.
Меню программы содержит выключатель панели настроек. По умолчанию программа согласована с программой BLAST Global Alignment.
Результаты включают в себя статистику совпадений, вес выравнивания, замер производительности (времена: общее, прямого и обратного хода), само выравнивание с координатами. При выравнивании двух случайных последовательностей при настройках по умолчанию реализуется близкое к 50% совпадение.
Выбор предустановленных настроек программы осуществляется с помощью выпадающего меню.
В матрице весов можно установить положительные значения за замену нуклеотида N на любой другой (последняя строка и последний столбец матрицы) – что позволяет не разрывать перетяжку NNNN. Другой способ запрета разрыва последовательности указан ниже в таблице.
При выравнивании короткой последовательности на длинную необходимо установить штрафы за концевые вставки равными 0 – что позволяет избавиться от влияния концов на результат.
Для запрещения разрыва в последовательности или вставки более одного символа можно установить бесконечный вес, оставив пустым соответствующее поле, в котором появится знак бесконечности.
Системы приоритетов обратного хода можно менять или установить случайную – что позволяет находить все варианты вхождения паттерна.
Если на компьютере много ядер, то можно установить желаемое количество процессоров (по умолчанию - 4). Разбиение последовательностей на подпоследовательности осуществляется автоматически, но может быть задано и вручную.